しかしながら二０年後の一九九六年になると、同地方の感染は流行レベルに達していた。
アフリカにいるサルの種の多くは、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）として知られるＨＩＶに似ているウイルスを保有している。
ＨＩＶ２がスーティマンガベイサルのＳＩＶと非常に密接に関係していることから、このＳＩＶがＨＩＶ２の出所としてもっともらしい、ということがある時期にわかってきた。
この動物は西アフリカで食料用にあるいはペットとしてときどき狩猟されるので、長い間に人間はおそらく感染した噛み傷や切り傷を通してときおりウイルスを拾い上げてきたのであろう。
こうした少数のまばらな発症は特別な注意をほとんど引かなかったが、やがてこのウイルスは十分な足掛かりを確保して人間社会に広がることに成功したのである。
チンパンジーは以前からHIV1の源ではないかと疑われてきたが、最近までこの話は混乱していた。
チンパンジーはアフリカの一二か国に住んでおり、チンパンジーＳＩＶのうちのあるものはHIV1によく似ているが、他のものはまったく異なっている。
アメリカ、バーミンガムにあるＡ大学のＢ・Ｈと彼女の共同研究者たちは、四匹の異なる捕獲チンパンジーのＳＩＶを比較し、おそらく解答となるものを見つけ出した。
それは一九九五年のことであった。
この年、ハーンは、HIV1の抗体に陽性と判定されたＭという名のチンパンジーから採ったサンプルを提供された。
サンプルを採られた時点ではＭは病気ではなかったが、その後まもなく出産して死んだ。
Ｈは、ガボンで先に捕獲された二匹のチンパンジーのＳＩＶと同様に、ＭのＳＩＶはHIV1にきわめて似ていることを発見した。
しかしながら、Ｎというザイール産のチンパンジーから分離されたＳＩＶは、HIV1とはまったく違っていた。
チンパンジーの亜種は、川谷で境界を定められた孤立した地理的縄張りのなかで進化したものであり、彼らはお互い交配しない。
Ｈは四匹のチンパンジーのＤＮＡを分析した結果、彼らが二つの亜種に属することを見つけた。
HIV1に似ているＳＩＶをもつ三匹のチンパンジーは、ふつうの亜種チンパンジーであり、ザイール産のＮは亜種ヒガシチンパンジーであった。
ふつうの亜種チンパンジーの縄張りは、最初のＨＩＶの感染が記録されたアフリカの地域にぴったり一致している。
そこでハーンは、このＳＩＶがHIV1の直接の祖先であることを確信している。
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